深冷空分制氮机作为一种传统的氮气生产设备，尽管在大型工业应用中具有显著优势和高纯度输出能力（可达99.999%以上），但其也存在一些明显的缺点：

1. **高能耗与生产成本**：该设备在运行过程中需要消耗大量的制冷剂和能源来使空气液化并分离出氧气和氮气。这不仅增加了生产成本，还可能对环境造成一定影响。（来源信息综合自多个参考文章）

2. **复杂的工艺流程和设备要求**：由于涉及到压缩、净化以及低温精馏等多个步骤，整个工艺流程相对复杂且对设备的精度和维护保养要求较高。这可能导致较高的维护费用和较长的停机检修时间。(根据《「制氮机租赁公司」氮气工程师科普三种制氮设备的优缺点》及百度百科内容整理)

3. **启动时间长且不能间断运行**：通常情况下，从透平膨胀机的启动到产品纯度达到合格标准需要较长时间(一般在15~40小时)，并且一旦开始运行就必须保持连续状态不能中断，这对生产的灵活性和应急响应提出了挑战。（来源于多篇文章的综合分析）

4. 设备占地面积大与投资成本高 ：由于其复杂的工艺流程和所需的大型低温容器等设备组件 ，使得整体装置占地面积较大 。同时基建费用较高及设备一次性投资也较多 （依据搜狐网发布的文章内容）。此外对于中小规模的生产需求而言可能显得不够经济 (结合多篇参考资料)。